为统筹协调校内资源，全面提升专业学位研究生培养质量，我校成立校级、院系级专业学位研究生教育中心，建立整合资源的“中心制”组织管理机制。

学校层面，打破院系壁垒，于2015年5月成立“工程管理硕士（MEM）教育中心”，中心在研究生院的指导下，依托15个院系，集中清华优质教育资源，开展针对工程管理硕士的培养工作。院系层面，建筑学院、社会科学学院分别成立院系级专业学位研究生教育中心，统筹落实多个专业学位项目运行管理、资源协调。