2016年，在国家科技体制改革全面推进的背景下，清华召开了第17次科研工作讨论会，发布《太阳集团tyc5997关于深化科研体制机制改革的若干意见》，清华科研体制机制改革正式启动，聚焦学科交叉、军民融合、前沿部署和科技成果转化，创造有利于创新的学术生态。
这一年，在前沿基础研究领域，清华共申请自然科学基金1646项，立项591项，位居全国第一。重点项目（含联合基金）、重大项目（含中德合作）共88项获得资助；在延续原有的6个创新群体的基础上，又新增创新群体2个。
过去一年里，清华师生取得了一系列科研成果，在国际顶级学术期刊发文多篇，SCI论文数量保持增长。施一公研究组在《科学》连续发表研究长文，报道剪接反应中5个关键状态剪接体复合物的高分辨率结构；向烨研究组与合作者在《科学》在线发文阐述了两种针对埃博拉病毒人源中和性抗体的作用机制。李群仰课题组研究了界面摩擦对于二维材料的独特机理，荣登《自然》；周树云、陈曦等首次发文报道破坏洛伦兹不变性的第二类外尔半金属二碲化钼的拓扑费米弧实验证据，见于《自然物理》。
时空是不变的主题，计算机则是人类智力的飞跃。2016年，清华作为激光干涉引力波天文台（LIGO）科学合作组织（LSC）在中国大陆的唯一成员，为引力波信号的探测作出了贡献；薛巍、付昊桓团队的“千万核可扩展大气动力学全隐式模拟”项目荣获国际高性能计算应用领域最高奖——“戈登·贝尔”奖。
面向国家战略需求，清华继续推进与大型企业的合作，为提高我国经济社会发展水平作出积极贡献。由清华控股旗下北京辰安科技股份有限公司研发的厄瓜多尔国家安全指挥控制系统在厄瓜多尔抗震救灾中发挥了重要作用，得到了习近平总书记的充分肯定；由核研院主持设计的全球首座模块式高温气冷堆示范工程首台主设备压力容器在山东荣成石岛湾核电站顺利吊装就位，60万千瓦级模块式高温气冷堆核电站方案发布，标志着我国高温气冷堆技术从“863”时期的“跟跑”位置，到示范工程阶段的“领跑”位置，再到正式跨入商用阶段。一旦建成，它将成为国际首个商用高温气冷堆核电站。
人文社会科学领域也成果辈出。这一年，清华获国家社科基金重大招标项目立项11项，立项总数在全国排名第一。格非的《望春风》以最高票当选“《当代》长篇小说年度最佳”。
2016年，清华19项科技成果获国家科学技术奖励，杨知行教授领衔的团队获国家科技进步奖一等奖。薛其坤院士获得首届“未来科学大奖”，施一公院士获得“何梁何利基金科学与技术成就奖”，钱颖一教授获2016年中国经济学奖……
知识无涯而令人代代探索，清华尊重一切可贵的智慧，也愿秉持开放合作的心态，在各学科前沿领域继续探索前行。清华的科研工作将继续强调“尊重学术权力、强化问题导向、促进开放合作、建设创新文化”的基本原则，全力推进科研体制机制改革，实现科学研究从跟踪到引领的跨越。
